USB 3.1 Gen 1 (USB 3.0)対応のポートで、Password Protection Managerを使っています。
USB 2.0対応のポートにつないだ時も、Password Protection Managerは使用できますか。

はい、できます。
付属のソフトは、USB 2.0対応のポートとUSB 3.1 Gen 1 (USB 3.0)対応のポートの両方でお使いになれます。