「検索」アプリの検索設定の「ショートカットを消去」を実行しました。「Eメール」の検索履歴だけが消去できません。

「検索」アプリで「Eメール」の検索履歴だけ消去できないのは仕様です。
消去が必要な場合は以下の操作を行ってください。
[設定]→[アプリケーション]→[アプリケーションの管理]→[すべて]→[Eメール]→[データを消去]
※ご注意：[データを消去]を行うと、検索履歴だけではなくアカウントの設定などすべてのデータが消去されてしまいます。